Pochodzenie
Urodził się w 1891 roku w Niżnym Nowogrodzie (obecnie Gorki) w Rosji w rodzinie urzędniczej, jako syn Stanisława Jana i Wandy z Rajewskich.
Edukacja i początki działalności
Po ukończeniu szkoły średniej studiował w Rosji, a na dalsze studia przeniósł się do Krakowa. Tu mógł rozwijać działalność patriotyczną. Wstąpił do Organizacji Strzeleckiej i po pewnym czasie rozpoczął kurs oficerski w Stróży. Ukończył go z wyróżnieniem. Nosił wówczas pseudonim ,,Niemrycz”. Po ukończeniu studiów Kączkowski przeniósł się do Łodzi, gdzie jego ojciec był carskim urzędnikiem. Tu utworzył i rozpoczął czynną działalność w Towarzystwie Gimnastycznym ,,Sokół”, które to po wybuchu I wojny światowej prowadziło również szkolenie wojskowe dla młodzieży. Na wieść o ewakuacji rosyjskich urzędów, ojciec Stanisława uciekł, a Kączkowski postanowił pozostać w Łodzi, bo w przeciwieństwie do niego czuł się Polakiem. Wtedy to zorganizował w mieście tajną szkołę podoficerską i (posiadający pełne kwalifikacje oficerskie) stanął na jej czele, walcząc o niepodległość Polski. Na apel Józefa Piłsudskiego Zarząd Towarzystwa Gimnastycznego ,,Sokół” w Łodzi zezwolił swym członkom na wstępowanie do Legionów. Stanisław Kączkowski odebrał wtedy przysięgę na wierność Polsce od łódzkich sokołów w budynku przy ulicy Nawrot 23. W tym samym czasie Kączkowski powołał również do życia Straż Obywatelską, której zadaniem było ochrona i zaprowadzenie porządku do czasu kiedy Łódź zostanie zajęta przez Niemców. Był jednym z najaktywniejszych członków Straży.
Działalność patriotyczna i konspiracyjna w Turku
Jak pisze jedno z lokalnych czasopism: ,,(…) w 1915 roku losy swe z Turkiem zawarł wytrawny działacz niepodległościowy Stanisław Kączkowski”. Przyjął posadę nauczyciela fizyki w Gimnazjum Męskim Towarzystwa Szkolnego w Turku. Istniała tu już skautowa drużyna męska im. ks. Józefa Poniatowskiego (założona przez skautów z Łodzi), której pierwszym drużynowym był Henryk Milewski, syn miejscowego rzemieślnika. Opiekunem pierwszej drużyny skautowej na terenie miasta i powiatu został prof. Stanisław Kączkowski i dzięki niemu ruch skautowy zaczął się rozwijać. Początkowo drużyna nie była zalegalizowana przez Niemców. Dlatego w obawie przed dekonspiracją przyjmowano do niej tylko sprawdzonych uczniów. Władze niemieckie nie zezwalały na istnienie drużyn skautowych, ponieważ obawiały się, że to zalążki przyszłych wyzwolicieli Polski. W październiku 1915 roku drużynowy Milewski opuścił Turek, a w następnym roku z inicjatywy prof. Kączkowskiego powstało (działające również w konspiracji) Koło Przyjaciół Harcerstwa. Początkowo nosiło nazwy ,,Rada Opiekuńcza‘’, ,,Patronat’’ . Celem koła było duchowe i materialne wsparcie istniejących w mieście drużyn skautowych. W tej konspiracyjnej organizacji Kączkowski znalazł wielu sympatyków oraz aktywnych miejscowych i wpływowych działaczy, a wśród nich ówczesną dyrektorkę Gimnazjum Żeńskiego – Tomiłę Składkowską. Pozyskawszy sponsorów, Kączkowski umożliwił skautom naukę strzelania oraz jazdy konnej.
Od 1916 roku na terenie miasta i powiatu znajdował się IV Obwód Organizacji Skautowej, a w latach 1917-1918 Turek został siedzibą Va Komendy Okręgu. 8 lipca 1916 roku drużyna gimnazjalna została włączona do Organizacji Skautowej, a w 1918 roku do Związku Harcerstwa Polskiego. Liczyła wtedy 120 członków, co stanowiło połowę wszystkich uczniów Gimnazjum Męskiego.
Podczas I wojny światowej Kączkowski walczył z Niemcami stosując metody skautingu m.in. obserwacje, wywiad, ostrzeżenia osób zagrożonych aresztowaniami. Ogromne znaczenie miało dla niego krzewienie postaw patriotycznych. I tak w 1916 roku wraz z harcerzami wziął udział w uroczystościach rocznicowych z okazji uchwalenia Konstytucji 3 Maja, a w 1918 – protestował przeciwko postanowieniom bolszewickiej Rosji i Niemiec w sprawie oddania chełmszczyzny Ukraińcom. W czerwcu tego samego roku zmobilizował oddział skautów do udziału w obchodach 100 rocznicy śmierci gen. Jana Henryka Dąbrowskiego, twórcy Legionów Polskich we Włoszech.
Mieszkając w Turku Kączkowski był również aktywnym członkiem Towarzystwa Muzyczno- Dramatycznego ,,Lutnia’’. Występował często jako aktor-amator w organizowanych przedstawieniach teatralnych, prowadził prelekcje i odczyty. 3 listopada 1918 roku dzięki publicznemu wystąpieniu prof. Stanisława Kączkowskiego w lokalu ,,Lutni’’ przy ul. Kaliskiej (obecnie restauracja ,,Turkowianka’’) utworzono Straż Obywatelską, działającą na terenie miasta i powiatu. Powołany wówczas oddział Straży liczył 120 osób, w tym osobę profesora. Wstąpiło do niej także wielu jego uczniów.