Tomasz Michalski urodził się 22 października 1960 roku w Sieradzu jako czwarte dziecko Józefa i Ireny Michalskich (z domu Świątczak). Ojciec był piekarzem i pracował przez całe życie w piekarni GS Burzenin, matka – do czasu pójścia najmłodszego syna do szkoły zajmowała się prowadzeniem domu i wychowywaniem dzieci. Później łączyła te obowiązki z pracą zawodową w Zakładach Mechanicznych CHEMITEX w Sieradzu, jako pracownik fizyczny. Dzieciństwo spędził w domu rodzinnym, który w tym czasie nie był jeszcze ukończony. Jako chłopiec przyglądał się pracom budowlanym i stolarskim, które wykonywał jego dziadek Tomasz Świątczak. Do dziś na palcu ręki pozostał ślad w formie blizny, gdy naśladował dziadka w pracach stolarsko-ciesielskich. Jako siedmiolatek idąc w ślady starszych braci Andrzeja i Krzysztofa rozpoczął służbę ministrancką w sieradzkiej farze pod kierunkiem ówczesnego opiekuna ministrantów ks. Zdzisława Rogalskiego. Naukę w szkole podstawowej rozpoczął w 1967 roku, po ukończeniu której kontynuował edukację w Technikum Mechanicznym w Sieradzu. Po zdaniu matury wstąpił do Wyższego Seminarium Duchownego we Włocławku, które ukończył w 1986 roku broniąc pracę magisterską z zakresu teologii dogmatycznej – „Kult świętych w ujęciu kwartalnika Współczesna Ambona”.
W latach 1989-1994 odbył studia licencjackie i doktoranckie z zakresu teologii biblijno-pastoralnej na wydziale Teologicznym Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie, które uwieńczył napisaniem pracy licencjackiej „Nowe życie w Chrystusie – Kol3, 5-17” pod kierunkiem ks. prof. dra hab. Jana Łacha oraz egzaminem licencjackim z zakresu teologii biblijno-pastoralnej.
15 czerwca 1986 r. we Włocławku Tomasz Michalski przyjął święcenia kapłańskie z rąk biskupa Jana Zaręby i rozpoczął posługę w parafii Opatówek k. Kalisza, gdzie pełnił obowiązki do 19 marca 1988 roku, od tego też dnia z powodu śmiertelnej choroby proboszcza ks. Ireneusza Kaźmierskiego był wikariuszem w parafii Ślesin. Od lipca 1988 do sierpnia 1992 był wikariuszem w parafii NMP Królowej Polski w Koninie, skąd został skierowany do pracy w Wyższym Seminarium Duchownym we Włocławku jako wychowawca. Funkcję tę pełnił jednak tylko przez miesiąc, ponieważ został powołany na urząd kapelana i sekretarza ks. biskupa Dembowskiego, a także na notariusza Kurii. Po skończonej pracy kapelana przez rok przebywał na stypendium językowym i samodzielnej pracy naukowej w Monachium oraz w Dachau. W latach 1996 -2000 pełnił funkcję ojca duchownego we Włocławku oraz wykładowcy z zakresu teologii duchowności w WSD i z zakresu teologii biblijnej w Studium Teologii we Włocławku.